Bisa dikatakan saat ini pertanian konvensional lebih banyak dilakukan di negara-negara berkembang, sedangkan pertanian modern banyak dilakukan di negara-negara yang sudah maju. Perbedaan sistem pertanian ini berpengaruh terhadap produktivitas hasilnya. Produktivitas untuk pertanian konvensional dan pertanian modern berbeda karena input yang digunakan untuk pertaniannya berbeda pula. Salah satu perbedaan input bisa dilihat dari sudut alat mesin pertaniannya, pada pertanian konvensional alat-alat yang digunakan masih sederhana misal cangkul, sabit, kerbau untuk membajak, tenaga manusia untuk menanam dan memanen serta untuk pengolahan pasca panennya. Sedangkan dalam pertanian modern, yang digunakan sudah modern misalnya untuk menanam maupun memanen sudah menggunakan mesin yang canggih.
Selain alat dan mesin pertaniannya. Perbedaan input juga dapat dilihat dari konsep pertanian yang dijalankan. Pada pertanian modern juga identik dengan konsep pertanian organik dan berkelanjutan. Sedangkan pertanian konvensional identik dengan pertanian non organik. Walaupun terdapat beberapa petani konvensional yang menerapkan pertanian organik namun pada negara berkembang keberadaannya masih terbilang sedikit. Terdapat beberapa dampak baik positif maupun negatif dari pertanian organik dan pertanian konvensional.
Pada pertanian konvensional, ketahanan hasil produksi hanya berlangsung dalam jangka pendek. Hal tersebut menyebabkan suatu negara bisa sangat bergantung pada impor karena ketersediaan dan keberlanjutan pertanian tidak dihiraukan. Sedangkan pertanian organik memiliki ketahanan jangka panjang dan menyebabkan keberlanjutan serta kemandirian.
Produktivitas pada pertanian konvensional lebih diutamakan. Hal tersebut dikarenakan petani hanya fokus terhadap budidaya yang dilakukan tanpa memikirkan faktor-faktor yang berkelanjutan. Berbeda dengan pertanian organik, selain produktivitas yang diutamakan, kestabilan dan kelestarian lingkungan juga sangat diutamakan. Pertanian organik menerapkan konsep jangka panjang agar pertanian dapat dilanjutkan dalam jangka waktu yang lama.
Pertanian organik membuat petani dan konsumen hidup sehat dan lebih ekonomis. Hal tersebut dikarenakan produk-produk pertanian organik yang di konsumsi oleh konsumen bebas dari bahan-bahan kimia serta petani juga tidak terkena dampak dari penggunaan pestisida kimia saat menjalankan pertaniannya. Dari kehidupan yang sehat dapat mengurangi biaya-biaya yang dikeluarkan untuk berobat sehingga petani dan konsumen dapat hidup lebih ekonomis. Sebaliknya, pertanian konvensional menyebabkan konsumen dan petani hidup dengan pencemaran bahan-bahan kimia yang mengganggu kesehatannya.
Biaya-biaya produksi yang dikeluarkan untuk pertanian konvensional lebih besar daripada biaya-biaya produksi yang dikeluarkan untuk pertanian organik. Pertanian konvensional cenderung membeli pestisida kimia ataupun pupuk kimia untuk pertaniannya sehingga biaya yang dikeluarkan jelas lebih besar. Sedangkan pertanian organik lebih memanfaatkan sumber daya alam yang ada untuk mengadakan pupuk maupun pestisida sehingga biaya-biaya produksi yang dikeluarkan lebih kecil.
Jika dilihat dari pengaruhnya terhadap lingkungan, pertanian konvensional menyebabkan pencemaran lingkungan dengan residu dari penggunaan bahan kimia yang dapat menyebabkan polusi di lingkungan. Sedangkan pertanian organik justru dapat menekan polusi udara sehingga kelestarian lingkungan dapat terjaga.
Namun dalam pelaksanaannya, pertanian organik memerlukan usaha yang lebih besar daripada pertanian konvensional. Hal tersebut dikarenakan dalam perawatannya, pertanian organik memerlukan ketelatenan yang besar agar tetap melestarkan lingkungan sekitar. Pertanian organik juga tidak bisa langsung menghasilkan produksi yang banyak. Butuh waktu lama agar pertanian organik benar-benar bisa diaplikasikan dan menghasilkan kualitas produk yang tinggi. Sedangkan pertanian konvensional lebih memilih jalan yang lebih mudah dalam perawatan pertaniannya. Produk-produk yang dihasilkan dari pertanian organik juga lebih mahal daripada produk-produk yang dihasilkan dari pertanian konvensional. Pada negara berkembang, sebagian besar konsumen akan memilih untuk membeli produk yang lebih murah sehingga produk pertanian konvensional lebih digemari.